Факультеты

• Кыргызско-Китайский факультет
• Медицинский факультет
• Теологический факультет
• Международный медицинский факультет
• Высшая школа международных образовательных программ
• Центр последипломного и непрерывного медицинского образования

Колледжи

• Колледж международных образовательных программ
• Медицинский колледж
• Финансово-юридический колледж
• Узгенский международный медицинский колледж
• Инновационный колледж STEM
• Индустриально-педагогический колледж

Институт естествознания,физической культуры, туризма и аграрных технологий

• Гуманитарный институт "Арашан"
• Институт востоковедения
• Институт математики, физики, техники и информационных технологий
• Институт экономики, бизнеса и менеджмента
• Институт филологии и межкультурных коммуникаций
• Историко-юридический институт
• Институт педагогики искусства и журналистики
• Институт естествознания,физической культуры, туризма и аграрных технологий

Лицеи и гимназии

• Лицей "Билим"
• Лицей "Ыйман"
• Карасуйская гимназия
• Ноокатская гимназия
• Центр начального образования "Зирек"
• Профессиональный лицей №12

Департаменты

• Департамент административно-хозяйственного обеспечения
• Бизнес парк ОшГУ
• Департамент среднего профессионального образования

Центры

• Культурно-эстетический центр имени Р. Абдыкадырова
• Фонд имени Р.Абдыкадырова
• Центр связи с общественностью
• Центр практики и карьеры
• Центр повышения квалификации ОшГУ