Университетте жогорку билим берүү адистиктери боюнча билим берүү программаларын эл аралык аккредитациялоодон өткөрүү жараяны башталды. Билимдин сапатын баалоо процессинен төмөнкү 4 билим берүү программасы өтөт :
Дарылоо иши – специалитет (6 жыл);
Дарылоо иши – специалитет (5 жыл);
Информатика жана эсептөө техникасы – магистратура;
Саламаттыкты сактоодогу жана биомедициналык инженериядагы информатика – бакалавриат.
Аккредитациялоо жараянын 2021-жылдын 2-4-июнь күндөрү Казахстандын көзкарандысыз аккредитация жана рейтинг агенттигинин тышкы эксперттик комиссиясы жүргүзөт. Тышкы эксперттик комиссиянын билимдин сапатын баалоо иши аралаш форматта уюштурулат.
Буга чейин ОшМУнун 117 жогорку жана орто кесиптик билим берүү программалары аккредитациядан ийгиликтүү өткөн.