Факультеттер

• Кыргыз-Кытай факультети
• Медицина факультети
• Теология факультети
• Эл аралык медицина факультети
• Эл аралык билим берүү программаларынын жогорку мектеби
• Дипломдон кийинки үзгүлтүксүз медициналык билим берүү борбору

Колледждер

• Эл аралык билим берүү программалар колледжи
• Медициналык колледжи
• Финансылык-юридикалык коллледжи
• Өзгөн эл аралык медициналык колледжи
• STEM инновациялык колледжи
• Индустриалдык-педагогикалык колледжи

Институттар

• "Арашан" гуманитардык институту
• Чыгыш таануу институту
• Математика, физика, техника жана маалыматтык технологиялар институту
• Экономика, бизнес жана менеджмент институту
• Филология жана маданият аралык коммуникация институту
• Тарых жана юридика институту
• Педагогика, искусство жана журналистика институту
• Табият таануу, дене тарбия, туризм жана агрардык технологиялар институту

Лицейлер жана гимназиялар

• "Билим" лицейи
• "Ыйман" лицейи
• Кара-Суу гимназиясы
• Ноокат гимназиясы
• "Зирек" башталгыч билим берүү борбору
• №12 Кесиптик лицейи

Департаменттер

• Административдик-чарбалык иштер департаменти
• ОшМУнун Бизнес паркы
• Орто кесиптик билим берүү департаменти

Борборлор

• Р.Абдыкадыров атындагы маданий-эстетикалык борбору
• Р.Абдыкадыров атындагы фонду
• Коомчулук менен байланыш борбору
• Практика жана карьера борбору
• ОшМУнун квалификацияны жогорулатуу борбору