Факультеттер

• Кыргыз-Кытай факультети
• Медицина факультети
• Теология факультети
• Эл аралык медицина факультети
• Эл аралык билим берүү программаларынын жогорку мектеби
• Дипломдон кийинки үзгүлтүксүз медициналык билим берүү борбору

Колледждер

• Эл аралык билим берүү программалар колледжи
• Медициналык колледжи
• Финансылык-юридикалык коллледжи
• Өзгөн эл аралык медициналык колледжи
• STEM инновациялык колледжи
• Индустриалдык-педагогикалык колледжи
• Айыл чарба колледжи
• Курулуш колледжи

Институттар

• "Арашан" гуманитардык институту
• Чыгыш таануу институту
• Математика, физика, техника жана информациялык технологиялар институту
• Экономика, бизнес жана менеджмент институту
• Филология жана маданият аралык коммуникация институту
• Тарых жана юридика институту
• Педагогика жана искусство институту
• Табият таануу, дене тарбия, туризм жана агрардык технологиялар институту
• Нанотехнология жана жасалма интеллект институту

Лицейлер жана гимназиялар

• "Билим" лицейи
• №12 Кесиптик лицейи
• «Ыйман» окуу-тарбия комплекси
• "Ноокат" гимназиясы
• "Кара-Суу" гиммназиясы

Департаменттер

• Административдик-чарбалык иштер департаменти
• ОшМУнун Бизнес паркы
• Эл аралык байланыштар департаменти
• Академиялык иштер жана билим берүү саясатын өнүктүрүүнү стратегиялык пландаштыруу башкармалыгы

Борборлор

• Р.Абдыкадыров атындагы маданий-эстетикалык борбору
• Р.Абдыкадыров атындагы фонду
• Маалымат жана коомчулук менен байланыш борбору
• Практика жана карьера борбору
• ОшМУнун квалификацияны жогорулатуу борбору
• «Next Generation Hub» борбору
• «Congress Resort OshSu» борбору
• Табигый ресурстар борбору
• Тоо экосистемаларын коргоо жана жашыл инновациялар Консалтинг Борбору
• Илимий изилдөөлөр жана инновациялар борбору